1.内设机构

    正科级内设机构4个：综合办公室、业务管理科、组织人事科、监督管理科。

    2.直属单位
    正科级国家气象事业单位4个：肇庆市气象台、肇庆市气象服务中心、肇庆市气象综合保障中心（肇庆天气雷达站）、肇庆市生态与农业气象中心（西江流域气象防灾中心、肇庆市气候变化中心）；

    正科级地方气象事业单位4个：肇庆市突发事件预警信息发布中心（肇庆市气象影视中心、肇庆市寒冷灾害防御中心）、肇庆市人工影响天气中心、肇庆市防雷减灾管理中心、肇庆市防雷设施检测所；

    副科级地方气象事业单位2个：肇庆市防雷设施检测所鼎湖区分所、肇庆市防雷设施检测所大旺分所。

    3.县级气象局

     肇庆市设广东省高要市气象局、广东省四会市气象局、广东省广宁县气象局、广东省怀集县气象局、广东省封开县气象局、广东省德庆县气象局等6个县级气象局。