1958年9月24日成立广东省高要专区肇庆气象台，为肇庆市气象局前身。

1962年8月，改称肇庆专区气象局，直属省气象局领导。

1970年6月，改称肇庆地区气象台，由肇庆军分区与地方双重领导，以军管为主。

1973年12月，撤销军管，气象体制交地方，成立肇庆地区气象局。

1980年4月，肇庆地区气象局实行省气象局与地方政府双重领导。

1988年3月，肇庆地区实行市管县建制，改成肇庆市气象局至今。