惠州市气象局正科级内设机构4个：综合办公室(财务科）、业务管理科、组织人事科、监督管理科。

 惠州市气象局直属正科级事业单位4个：惠州市气象台（惠州市惠城区气象防灾中心）、惠州市气象服务中心（惠州市雷电防护装置检测中心）、惠州市气象综合保障中心、惠州市生态与农业气象中心（惠州市大亚湾气象防灾中心、惠州市仲恺区气象防灾中心）。