广东省防雷减灾管理中心内设综合科、业务科和督查科三个正科级机构。

（一）综合科主要职责：负责组织实施全省防雷减灾工作的发展规划、计划和防御方案；负责中心的文秘、公文管理、人事、财务、资产管理、宣传、会务、接待及车辆管理。

（二）业务科主要职责：负责全省防雷减灾业务指导、管理和省气象行政服务中心的事务；防雷行政审批事项的受理、复核；组织协调跨部门、跨区域防雷安全生产执法联合行动，负责防雷安全生产行业监管；防雷业务数据的统计、分析；组织全省防雷检测机构的计量认证评审工作；组织对雷电防护技术的科学试验研究，负责全省防雷工作的经验交流、技术推广和培训；组织开展雷电灾害防御标准化创建工作。

（三）督查科主要职责：负责全省防雷安全生产督查；组织对全省防雷市场经营活动、社团组织的监管；组织对防雷产品进行质量监督管理；组织对重大雷电灾害事故调查鉴定工作。